外界越來越多人指稱，查理・柯克命案的證據遭到銷毀或過早釋出，這讓聯邦調查局（FBI）與猶他州官員形象受損，如今更面臨掩蓋真相的指控。

• 柯克中槍的中庭在槍擊案發生後數日內就被挖開並鋪上地磚，承包商當時被告知這是聯邦調查局與猶他州州長要求的緊急工程。
• 在鋪設地磚前，約一英尺深的土壤被運走，抹去了照理應以犯罪現場名義持續封存的地面。
• 載送柯克前往醫院的車輛在數日內就被拖走、清洗並掛牌轉售，而非留作證物。
• 柯克的聖彌額爾（St. Michael）墜飾在當天就直接交還其遺孀，跳過了個人物品須留置為證物、直到州級官員簽核放行的慣例。
• 與柯克同車前往醫院的法蘭克・圖瑞克（Frank Turek）說法反覆，也加深了外界對墜飾如何取回的疑慮。

展望：預料聯邦調查局將面臨更大壓力，須說明其為何接管一起州級案件，以及現場為何如此迅速地被清理，而在審判前恐怕難有多少答案。